MySQLからデータをとってきてRでPCA

昨日のRMySQLはうまくいってました．
すんなり接続いった．よかった．

今日はPHPからの操作を意識したRコマンドの一連の流れをば．

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> library(RMySQL)
要求されたパッケージ DBI をロード中です
> m <- dbDriver("MySQL")
> dbconnector <- dbConnect(m, dbname="my_database", user="guest", password="guest")
> query.result <- dbSendQuery(dbconnector, "select * from output_wine")
> test.table <- fetch(query.result)
> dbDisconnect(dbconnector)
[1] TRUE
> summary(test.table)

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これで無事R内test.tableに，MySQLに格納されているoutoput_wineのデータを格納できた．サマリーの出力で確認．

んで，PCAは・・・
このサイトを参考に，この内容をpca.Rという名前でローカルへ保存し，

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> source("/usr/local/lib/R/library/pca.R")　#pca.Rを格納した場所を指定
> pca(test.table)

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これでいけました．入ってるデータがおかしいから得点算出されてないけど．
ふー．これをあとはPHPで操作か．

RをPHPで動かす on CentOS（環境設定）

題名のことをしたいのに，あとからあとから必要なものが出てきて，ぜんっぜん進まない．

とりあえず，R本体，PHP本体，R-devel，などなど必要なものはすべてインストールできた．
参考ページ↓
R-phpをインストール
（R-phpもいれてみましたよ，えぇ．）

で，その後だ．
インストールした当日はR-phpのデモはうまくいったのに，
今日やってみたら500 errorが出て動かない．
パーミッション設定？705へ戻したけどムリ．
メモリオーバー？php.iniから128Mへ増やしたけどムリ．
もきゃーーーっとなって，とりあえず放り投げた．
いいや，これは参考程度だったし．

で，sudo Rでコンソールから直にRを動かそうと．
MySQLに格納してあるデータからR使って主成分分析をしようと．
したらなんだい，RMySQLパッケージなるものがいるんかいっ？！

ふつーにinstall.package("DBI")とinstall.package("RMySQL")入れようとしても，
「CRANミラーサイトを選択してください」
で選ぶ窓が出ない．
選びようがないじゃないかー！！

ってことで，じゃあローカルに落としてやってやろう，と．
これに手間取った．
ローカルへDLはすぐ見付かったんだけど，
./configureするものがないだと？？
うーーー．

散々なやんで調べたあげく，やっとこ見つけたこのサイト．
HOWTO: Adding custom R packages to the PoC Environment
ここの，

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mkdir ~/src
mkdir ~/R
cd ~/src
tar xzvf DBI_0.2-3.tar.gz
tar xzvf RMySQL_0.6-0.tar.gz

Then we build the R packages:

R CMD INSTALL --no-docs -l ~/R DBI
R CMD INSTALL --no-docs -l ~/R RMySQL

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これに助けられ・・・
# R CMD INSTALL --no-docs -l /usr/lib/R/library /home/DBI
# R CMD INSTALL --no-docs -l /usr/lib/R/library /home/RMySQL

ってやってみて，libraryにふたつのパッケージがインストールできたように
みえるとこまできたけど．
Rからlibrary(RMySQL)で確認しても，パッケージ見付からんってでる．

あーだこーだ，開いたRMySQLのInstallページ見て，

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R CMD INSTALL --configure-args="--with-mysql-dir=/usr/lib/mysql" -l/usr/lib/R/library/ /home/DBI
R CMD INSTALL --configure-args="--with-mysql-dir=/usr/lib/mysql" -l/usr/lib/R/library/ /home/RMySQL

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これでなんとかibrary(RMySQL)通った・・・
満身創痍．


以下，メモサイト．

☆PHPに直書き
proc_openとR

R言語とPHPとの連携2

RでMySQLのデータ呼出しする前段階の手順まで終わったので，
次はRでMySQLの操作手順（Rプログラムの書き方）の実行だな．．．
書き方は調べてあるので，それをためして・・・
それがPHPからRへ命令できるかためして・・・
それでやっとこ分析か．骨折れる・・・

そろそろやらねば。

教習もひと段落したので、
そろそろ本腰入れて開発せねば。。。
夏休みのこと考えたら、こっちでできることしとかんといかん。

で、昨日はPCの開発環境設定…
去年できていなかったR-phpのインストールにやたら時間かかった。
インストールの待ち時間に、ラッセン3000ピースをやる…
完成したら一気に涼しげになると思うんだ、研究室（笑

夏休みは入手している文字情報を抜き出して、
デジタルデータ化する作業が入りそうです。
これもまた大変なんだよな…

ちょっとやる気の出ている、7月上旬。

P!H!P!

ちょっと触った感じでしかないですが…

もっとやっときゃよかった！

なんておもしろいんだｗ
時間があるときに色々さわっておけばよかったなぁ．
JavaScriptなんてメじゃないのに．

PHP+MySQL+R on LINUX がようやっとセットアップできて，
DBにデータも入れて，やっとこ作成に入ってます．
しかしなぁ，考えてたらテーブル構成やりなおさないといけない系かも…
まだPHPでのRの挙動も読めてないし，分かってないことも山盛り．
在室13時間超の日々です．
働いてるのと一緒だのん（´ω｀　）

atherosネットワークドライバのインストール

昨日からやってるインストール作業，なんとかネットデバイス入れれました．
以下，全部root権限．

１．CentOSのインストール時に色々選択（どれが関係したのかは不明）
でもとりあえず，パッケージグループを選択したことにより
kernel sourceで怒られなくなった．ベースのとこかなぁ．．

２．マザーボードのドライバから，Linux用のネットワークドライバをcp

３．make install

make -C /lib/modules/2.6.18-128.el5/build SUBDIRS=/home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src modules
make[1]:ディレクトリ　`/usr/src/kernels/2.6.18-128/el5-i386` に入ります

CC[M] /home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/at_main.o
In file included from /home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/at.h :29
from /home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/at_main.c :27:


/home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/kcompat.h:1116:error:redefinition of typedef lrq_handler_t'

include/linux/interrupt.h:67:error : previous declaration of lrq_handler_t' was here

make[2]: *** [/home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/at_main.o] エラー１
make[1]: *** [_module_/home/make[2]: *** [/home/user/Desktop/l1-linux-v1.2.40.0/src/] エラー２

→エラーログをみて，「include/linux/interrupt.hの67行目とsrc/kcompat.hの1116行目が重複してるよ！」とのこと．
ドライバのファイル群からkcompat.hの1116行目をコメントアウト
↑パーミッションで引っかかるのでrwxr-xr-xに．
再度make install
すると，/lib/modules/kernel/drivers/net/atl1/
にatl1.ko作成される．

４．作成されたatl1.koのパーミッション変更
rwxr--r--だったかな．他の.koファイルと同じに．

５．rootのhomeで/sbin/insmod /lib/modules/kernel/drivers/net/atl1/atl1.ko
ここで再起動

６．rootのhomeで/sbin/modprobe atl1

７．dmesg | grep Atheros
ドライバの認識を確認

とまぁ，こんな感じで．
昨日散々悩んでいたkernelのところは，何も触らず終わりました．
昨日の睡眠時間を返せ○rz
しかしながら，これのパケットロスが12％とでかい．
pingもwgetもyumも動くけど，ブラウザはタイムアウトになります…
何でだろうなぁ．

とりあえずひと段落．
これからあといくつ山があるんだろうヽ(´Д`；)ﾉｱｩｱ...
Lさん，ほんにありがとうございましたOTZ